En la gama de precio en la que te mueves, Custom Shop, PRS o Suhr, te van a ofrecer la calidad que les corresponde y se les supone. No hay guitarra mala en ese peldaño, simplemente son distintas.
Entre una PSR y una Fender Custom Shop hay diferencias importantes en construccion, maderas y pastillas, ademas de la estetica. Dependera exclusivamente de tus gustos y el tono que pretendes conseguir.
Como nunca he tenido una PRS o una Suhr, pero si unas cuantas Fender Custom Shop, solo puedo hablarte de las bondades de estas.
Las Stratocaster Custom Shop te ofrecen una variedad en cuanto a modelos, suficientemente amplia para satisfacer cualquier paladar musical. Desde las Reissue de los modelos vintage, las clasicas 54, 57, 62, 69 ... ect, hasta modelos con maderas exoticas, como la serie Artisan, por ejemplo, o el grado de exclusividad de las Ltd. Edition.
Sumale el abanico de acabados, N.O.S., Closet Classic, Journeyman Relic, Relic, Heavy Relic ... que van desde un "Como comprado nuevo" hasta un "Desgaste extremo".
Todo ello sin perder la esencia de una Strato.
Lo mismo seria valido para una Telecaster, pero creo que tu mencionabas las Stratocaster y coincide que son las que mejor conozco.
Mi consejo, no te lanzes sin antes buscar informacion, compara y vuelve a comparar, busca opiniones autorizadas antes que videos de youtube, ademas del sonido, los acabados y estetica general, fijate en detalles tecnicos como radio del diapason, grosor del mastil, ect que pueden pasar mas inadvertidos pero influyen definitivamente en la sensacion, tacto y comodidad.
Si haces una comparativa minuciosa y detallada, seguro que aciertas.
Suerte y existo con la busqueda.
Por si deseas ahondar mas en el tema de las Custom Shop te dejo estos enlaces:
https://www.guitarristas.info/foros/fender-custom-shop-diferentes-acabados-mas/322462
https://www.guitarristas.info/foros/fender-custom-shop-son-dicen-realidades-marketing/322497
https://www.guitarristas.info/foros/fender-masterbuilt-verdad-toda-verdad-nada-verdad/324025