El uso del paralelo está bien para unas cosas y no para otras, consigue el equilibrio de tono y estas cosas primero y luego quizás te guste más en serie, aplica los efectos con el mix de menos a más hasta alcanzar la cantidad deseada. También puedes usar un efecto en configuración extrema (de feedback, o profundidad, o repeticiones, o velocidad, o lo que te salga de los cojones) pero usarlo con una mezcla de señal muy baja, consiguiendo otras formas de dar efectos a esa mezcla que se aproximan al sonido de otro nivel, sin gastarlo en €. Hay que probar, se puede sonar de puta madre sin grandes excesos económicos.
La eq hay que usarla tras aplicar el efecto, porque según el ampli te puede interesar o no, el cortar algunas frecuencias, sobre todo si gastas wah wah o similares ya que en alguna parte del recorrido puede gritar en vez de sonar (el compresor es muy útil en algunos de estos 'gritos' como limitador) Se pueden localizar estas subidas excesivas usando analizadores (que traen como plugin algunos programas de mezcla y edición como el Logic pro), le aplicas el ancho de octava que sea necesario y le cortas el rollo al ruido ese.
Primero los niveles, ellos sólo; luego: los efectos, los porcentajes de mix, compresiones...; luego la eq suavemente. Si la eq es extrema para corregir algo, es que ese algo está jodío, si pones eq para regular niveles estás enmascarando la verdadera señal de salida (das ganancia a ciertas frecuencias). HJazlo como lo dice el manual de forma estricta, mira lo que te dice el compañero rafa-gas.
Prueba y cuenta qué tal te ha ido.

edito: el N manager q tengo es para Mac. pero puedes descargarlo de Yahoo groups Nova system y creo que en este hilo hay enlaces a eso.