Pues yo nunca he tenido "problemas" con el ruido de los canales od.
Siempre he usado el JVM con pedalera, inicialmente con una nova system y actualmente con una G-system ambas de TC Electronic. Las pedaleras siempre han sido fundamentalmente para cambiar el canal/modo del amplificador vía MIDI y ya de paso para añadir los efectos que pudiera necesitar, claro. La nova system la tenía por el loop de efectos. La G-system la conecto por el método de los cuatro cables.
Sencillamente las tengo programadas para que cuando entre un canal od, salte la puerta de ruido de la pedalera. De la forma que las conecto, la puerta de ruidos siempre queda en el loop de efectos del ampli, lógico, pues lo que queremos es eliminar o mitigar un ruido que proviene del previo, así que no tiene sentido colocar una puerta de ruido en este ampli por el input (a menos que la fuente de ruido venga de otro lado, un pedal, un cable en mal estado o las propias pastillas de la guitarra).
De esta forma solo tengo la puerta de ruido conectada cuando se necesita (en los canales od), pues efectivamente, si se activa una puerta de ruidos en los canales limpio o crunch, se chupa tono. En cualquier caso, las puertas de ruido también hay que saber ajustarlas. No podemos limitarnos a subir el umbral hasta que no suene nada de ruido, pues así lo más probable es que nos carguemos el tono. Con los años he descubierto que siempre hay que dejar pasar un poco de ruido, en la cantidad necesaria hasta que no sea molesto, así no chupamos tono. La prueba que yo hago es que doy un guitarrazo con un acorde abierto en el modo de od que esté y dejo que se produzca ese maravilloso feedback que este ampli genera. Una puerta de ruido mal ajustada (pasada de rosca) no permitirá ese feedback, cortará la señal antes de que se produzca.
También es cierto que tras un primer ajuste de bias que realizó Phakkito en el ampli, los ruidos bajaron bastante, y tras el primer cambio de válvulas que le realizó, todavía más. Aun así, lógicamente, no olvidemos que es un high gain, sigue teniendo algo de ruido, que como digo más arriba, elimino casi por completo con un ajuste de puerta de ruido sutil.
Y es todo lo que puedo decir en cuanto a uso de puertas de ruido con el JVM.
Decir que tampoco he tenido problemas con el loop de efectos, eso sí, gasté en su día mi tiempo en ajustar correctamente los niveles de entrada y salida de la pedalera para evitar la chupada de tono y saturación interna del dsp de las pedaleras, así como niveles de mezcla de cada efecto. Estas cosas no son precisamente plug & play. Los efectos deben ser como un buen maquillaje, apenas se deben notar sutilmente

y lo digo porque a menudo veo gente que ajusta el delay que suena más que la nota original, o que pone chorus que llegan a marear...
Saludos.