De base es que quizá le estés pidiendo peras al olmo... no dejes nunca de pensar que el resultado perfecto que quieres obtener y la guitarra sobre la que quieres obtenerlo no son compatibles... es como querer correr en formula 1 con un land rover... por mucho que lo modifiques no...
Esa guitarra tiene muchos defectos constructivos por el simple hecho de la guitarra que es... estando en buen estado ya de por sí puede que las medidas no cuadren y siempre tengas una pequeña variación de afinación intrínseca a la construcción de la guitarra, ni hablar ya si tienen tiempo (y no tiempo contigo, si no tiempo fabricadas en general... como las que se ven hoy día aún en tiendas, que pueden tener 15 años perfectamente porque ya no se hacen, pero ahí están, "nuevas") porque la mala calidad de las maderas, etc... se van deformando y haciendo esos problemas aún mayores.
Incluso contando con que nada de eso pase, la calidad de las pastillas también es muy importante, si estás afinando con un afinador de estos comunes, la nota al aire te la capta, pero las del quintaje muchas veces no, esas pastillas no dan la salida limpia y cuando tienen que detectar esas notas normalmente meten mucho error...
En definitiva, yo te aconsejo no dejarte los sesos más de lo necesario en esa guitarra porque nunca vas a obtener el mismo resultado que con una buena (obvio) y, si aún así haces medianamente un ajuste normal y ves que con el afinador sigues teniendo mucha variación, usa un afinador más bueno, a poder ser piezoeléctrico, para detectar la vibración de la cuerda y no la que unas pastillas malas traducen.