Usa un afinador piezoeléctrico, el korg ese que tienes de por sí es bastante malo, sumado a que las pastillas de mala calidad normalmente no dan una señal pura, el afinador no sabe qué interpretar y por eso no te da la nota.
Es algo bastante común... a mí incluso me pasa con un afinador profesional y guitarras que no deberían de causar esos problemas, pero una señal un poco sucia o una ida de olla del afinador se puede producir, más cuando estamos a estos niveles... si el problema te lo da siempre esa cuerda posiblemente la cosa venga de la pastilla, pero claro... no la vas a cambiar por eso.
Usa un piezoeléctrico... afina con la otra pastilla del bajo a ver (también puedes ver si es cosa de la frecuencia específica de esa nota, que no se la trague el afinador) y si no... pues comparando con la cuarta cuerda, quinto traste... no queda más.
Truco con afinadores malos (y no tan malos):
Toca con la púa a la altura del traste 12. Así haces que los armónicos que pueden "engañar" al afinador tengan menos presencia en comparación con la frecuencia fundamental. Y si en una cuerda el afinador detecta su quinta (tu caso, que te da MI para una cuerda que tendría que ser LA) toca con la púa a la altura del traste 7 o del traste 24 (exista o no). Así atenúas bastante ese armónico.
Prueba y te sorprenderás.
Otra cosa que puede influir a la hora de afinar son las cuerdas, cuando tienen mucho uso suelen dar también estos fallos.
Pon el potenciometro del tono al 10, para que el afinador capte mejor la señal. Y como ya te han dicho prueba siempre la misma nota en otras cuerdas.
Un Saludo
La vejez de las cuerdas también influye...
Un método infalible para afinar es hacer coincidir el armónico en el 5º traste de la cuerda grave con el armónico en el 7º traste de la cuerda inmediatamente más aguda. Cuando está desafinado la oscilación canta muchísimo, al desaparecer y quedarse un tono uniforme está perfectamente afinada. Este sistema no es muy recomendable cuando las cuerdas son muy viejas, pues el sonido se vuelve mate y cuesta mucho sacar armónicos.