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Mi comentario va más enfocado a cómo pensar mientras tocas, cómo te planteas el mástil para entenderlo y poder moverte por la música en tiempo real. Por ejemplo, si estás tocando en tiempo real (una jam session o lo que sea) y tienes que planchar un acorde Cmaj#11, no vas a pensar en "Do Mi Sol Si Fa#" como sí harías con un piano, es más pragmático pensar en "1 3 5 7
#11 ", o si es la escala, en vez de "Do Re Mi Fa# Sol La Si", visualizas "1 2 3
#4 5 6 7" para poder ubicarte rápidamente en el mástil y hacer los voicings que quieras en la tesitura que necesites. Al menos mi cabeza es absolutamente incapaz de pensar en tiempo real en notas cuando toco la guitarra

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Sobre transportar, un poco más de lo mismo, en vez de pensar en notas como tal (que también) me es más eficaz pensar grados. Si tienes claros los grados, es relativamente sencillo transportar en tiempo real a cualquier tonalidad -algo que en el mundo profesional pasa muy a menudo-, aunque requiere cierta práctica, como todo en la vida.
Ahora, toda la razón en lo que dices: cuando te comunicas con otros músicos, estás haciendo arreglos, pensando en las conducciones de voces o por supuesto en lectura, lo mejor es pensar en notas y saber el intervalo que hay impícito, al final es el lenguaje universal.
Lo resumiría como que hay dos formas de pensar, pa´dentro mientras tocas y visualizas (intervalos y grados), y pa´fuera cuando te comunicas (notas).
Y por último, también hay que tener en cuenta que cada maestrillo tiene su librillo, no todo el mundo piensa ni entiende la música o el instrumento de la misma manera. A mi me encanta aprender sobre los puntos de vista de los demás

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