Puentealo con un latiguillo a ver si te pasa lo mismo. Si no pasa lo mismo es que es cosa de los pedales y/o las impedancias, igual están diseados para trabajar con la impedancia que llevan los rack y no los pedales.
Segurmente alguien que tenga uno te podrá decir algo más certero.
Pues eso,pon un prueba con un cable corto y compruebas,pero los loops de Mesa suelen tener ese efecto (defecto) al activarlos,con otros amps (que no se activa/desactiva vía footswitch) no se aprecia.
Puede ser normal que se pierda algo de tono hasta cierto punto ya que la señal pasa por (por poner un ejemplo) 5 metros de cable desde el ampli hasta los pedales,por los pedales,por los latiguillos y 5 metros de vuelta al amp,entonces un leve cambio de tono puede ser normal hasta cierto punto ya que el recorrido de la señal es mucho mas largo.
Yo tengo un Mesa TC-50 y aprovechando una visita al técnico para una puesta a punto aproveché para rectificar el circuito del loop,ahora no se nota nada al activar/desactivar.
Los rectifier antiguos llevan el loop en paralelo, se puede modificar para hacerlo en serie, no es complicado, tienes información de ello aquí en el foro y puedes ver si te funciona mejor. Una queja común de ellos es precisamente eso, que el loop no se lleva bien con los efectos. Los nuevos ya tienen la posibilidad de hacerlo funcionar en serie o en paralelo.
De todas formas, yo probaría antes como te dicen, poniendo un cable y descartando que tengas otra cosa.
Suerte