Debes tener en cuenta que si cambias tus cuerdas a un calibre más grueso, la calibración de la guitarra muy probablemente debes retocarla. Tanto el mástil como el cuerpo deben soportar mayor tensión (en caso de mantener la misma afinación). Debes chequear tanto la curvatura del mástil como la postura del puente (trémolo en stratocaster's)y la altura de las cuerdas.
En mi caso, con una strato, empecé con 0.008, luego 0.009, 0.010 y ahora 0.011... el cambio es muchísimo, tuve que agregar un muelle más al puente (tenía 2, ahora tiene 3). También ajusté el alma del mástil, porque aunque no lo crean, el conjunto o mástil-cuerpo se "arquea" (aunque imperceptiblemente), lo mismo que un arco para flechas, si tensás más la cuerda, la madera del arco se arquea (propiamente dicho) más.
Al tocar, prácticamente lucho contra la guitarra (aclaro que toco hard rock), pero el sonido y el sustain son mejores. La guitarra trabaja más "apretada", más "tensa", la madera del cuerpo y del mástil se comprimen más (parecen más densas) por la tensión mayor de las cuerdas.
Edito (más bien, agrego): los clavijeros tienen que ser buenos, de lo contrario, las cuerdas se pueden ir aflojando en cierto periodo (sobre todo las cuerdas lisas: 1º, 2º y 3º). Además, muchos guitarristas (me excluyo desde hace poquito) no saben instalar correctamente las cuerdas en el perno del clavijero. Esto se llama "encordado". Existe una técnica, que si bien la leí en otro foro, la pude corroborar en el manual de usuario de mi nueva Gibson LP

. No sé si viene al caso explicarlo aquí, asi que si me lo piden, les explico.
Saludos