Sobre la 2ª cuestión ¿el ht-40 tiene el loop en serie o en paralelo? En algún post que vi, empapándome sobre el método 4CM, que salía un caso que si el loop es en paralelo (si es así tendría que tener un botón o control cerca del loop del ampli que ponga MIX) hay que poner el MIX al 100%. Si no es por eso lo mismo tienes un problema de incompatibilidad (ojalá no, pero eso d que con otros amplis sí has podido y con el ht-40 no, mosquea). No he tenido ese ampli, pero he visto esto de line6.com, está en inglés pero si la sacas desde el google chrome te da la opción de traducción, ojalá te sirva, no sé si es exactamente lo que buscas, pero es tu caso en particular o muy parecido; habla principalmente del 4CM pero luego se abre la conversación y puede que diga algo sobre los dos cables al loop o al menos dice cómo cofigurar la pod. A ver si te sirve compa.
http://line6.com/support/thread/85361
¿Has probado a encender/apagar el loop de la pod a ver si cambia la cosa? Supongo que ya lo habrás probado (no quiero ofender tu inteligencia

), pero por si acaso... ¿y otras combinaciones de enchufado? Lo mismo, por si acaso no lo has hecho... el caso es dar en el clavo... Quizás es decirle a la pod que el ampli es combo, o la configuración de salida de la pod (el OUTPUT, yo la tengo en Match/Studio/Direct (no en Studio/Direct), esto pienso que es importante).
Sobre la configuración del loop desde la pod no me acuerdo, déjame que lo mire y te cuento ¿ok? Yo lo tengo en casi todos los tones apagado, pero en uno lo tengo encendido, por que en ese me interesa sacar el sonido y distor del blackstar y quitar las emulaciones.
Espero haberte ayudado algo, y ya te cuento lo del loop cuando lo tenga
Saludos!!