Muy buenas. Entiendo por lo que dices, que te refieres a la realización de melodías con 2 guitarras, más que 1 haciendo acordes y la otra melodía, o las 2 acordes (corrígeme si me equivoco).
Cuando armonizas una melodía no tienes por que hacerlo con terceras o segunas MENORES o mayores. La historia es hacerlo por intervalo, por ej. 3ª e ir alternando entre mayores y menores, en función de la tonalidad. Esa alternancia es lo que produce un sonido más atractivo, pues el otro sistema suena normalmente bastante más inestable porque estarías saliéndote de la tonalidad constantemente.
De todos modos, a parte que también lo puedes hacer con 4as y 5as, este tipo de armonizaciones son prácticamente las más básicas que existen ya que la dependencia entre las 2 voces es muy grande, tanto melódica como rítmicamente. Como ya le comenté a #2 en su día, si realmente te interesa este tipo de armonizaciones melódicas, lo suyo es que te leas algún tratado de contrapunto. Ahí ya desaparece el concepto de una linea melódica armonizada, sino más bien una linea melódica interpretada por 2 voces.
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