Holas, yo suelo organizarlos de acuerdo a los temas, aveces cuando los temas son parecidos a nivel de sonido, utilizo un mismo banco y presets para varios temas.
Eso si por ejemplo si tengo 4 temas con la misma distorsion pero distintos efectos de modulacion (delay, chorus, tremolo, pitch) en cada uno, utilizo 4 bancos distintos pero la distorsion ritmica siempre la coloco en el preset 1.
Hace tiempo atras vi a Petrucci explicando su pedalera (controlador midi) y en ella el habia dispuesto un banco (con sus respectivos presets) por tema.
Saludos.