Qué calibre de cuerdas elegir?

Tengo una guitarra acústica fender fa 100, le cambié las cuerdas por unas de calibre 9-45, resulta que el sonido es más agudo y más apagado, pero si es más suaves ya que las que tenía me mataba los dedos xD.

Sin embargo, no me gusta el sonido que hace ya que no creo que esas cuerdas le sacan todo el potencial a la guitarra.

Qué cuerdas me recomiendan de calibre, 10, 11 o 12?. Gracias de antemano

Debes probar por ti mismo. Cada cual tiene sus gustos en marcas y calibres de cuerdas, por eso hay tanta variedad. Empieza con un calibre medio (.011 en acústica) y a partir de ahí sacas conclusiones. Te darás cuenta para el próximo cambio si las quieres más blandas o quieres más sonido. Si quieres otro timbre (bronce / fósforo bronce / revestidas / otra marca ).

Gracias Linux estuve buscando cuerdas de calibre 011, sin embargo solo encontré calibre 10. Qué tal suene esa cuerda en guitarra semi jumbo?.

resulta que mis cuerdas eran unas fender 012-052, por eso que me costaba al principio pero luego me acostumbré aunque claro, duelen los dedos igual un poco.

Ahora la cambié por unas 009-045 en mi ignorancia xD, las voy a cambiar porque el sonido es muy distinto. Qué me recomiendan, las 010 o 011?

Compañero, estas cosas no se recomiendan, se prueban. La comodidad de un guitarrista es relativa a su forma de tocar y sus necesidades.
Si buscas un sonido con mas potencia utiliza mayor calibre, pero estaras poniendo mas tension en el mastil, tocara ajustar.