Duda sobre afinación con pedal

Buenas, tengo un pedal de estos, que lo pones en bypass, tocas una cuerda y te dice la nota que suena, y la tensión que falta o sobra para que esté correctamente afinada.
El problema es el siguiente, siempre que afino mi guitarra con el pedal queda perfectamente, pero he probado con la guitarra de un amigo (una academy bastante chapuza) y no queda para nada bien, es decir, al poner la afinación standard según el pedal, queda totalmente desafinada, (vamos, que dice que está en Mi, y no está en Mi xD) ¿a qué puede deberse?

que pedal es??

puede ser que la guitarra de tu amigo tiene prolemas de electronica o esta desquintada

Es este http://www.youtube.com/watch?v=tCmN4-RwQEE
Como dato, la guitarra suena a muerte... hace mucho ruido y lo dicho, suena fatal.
Es rarísimo porque por ejemplo antes afiné la 6ª cuerda en un supuesto Re, pero se quedó muy aguda, la puse bien de manera que el 7º traste me sonase como la 5ª cuerda al aire (La), y las canciones y tal sonaban perfectas, pero el pedal decía que estaba en Do (y en cambio decía que la 5ª cuerda estaba en La como corresponde) ya os digo que es rarísimo porque cuando el pedal dice que está en Re, en realidad se queda más aguda.
(insisto en que con mi guitarra esto no pasa)

si tu guitarra la afina bien,esta claro que no es ni tu guitarra ni el afinador.
has mirado si existe alguna relacion cuando te dice mal las notas???
por ejemplo,si cuando es un Do te dice siempre un Re ,cuando es un Re te dice siempre Mi,etc...
y te dice que son otra nota (aunque sea otra)pero bien afinada,o solo se queda un poco por encima o por debajo?
si te dice que es otra nota,creo que a la guitarra de tu amigo le suenan armonicos raros y el afinador se raya...
las cuerdas las afina bien entre sí,o tampoco??'

no es que se quede más aguda o más grave, es muy raro el tema.
Por ejemplo el sol lo afina correctamente, pero luego la cuerda de encima (re), dice que es un Re pero no llega, y al ponerlo en Re dice o que es un Re muy grave o que es un Do, directamente.
Quizá tengáis razón y sea la electrónica, que es de estas academy de pack de principiantes