Que raro!
Yo he probado a grabar 2 guitarras
(grabas una, luego la otra y unes ambas) y suena bien, nosé
(cada una en un canal, of course)
Yo no utilizo esos programas pero lo que cuentas suena a que el volumen de las pistas que has grabado está demasiado alto y satura la mezcla. Tiene que haber algún control de Master general o de volumen de cada pista que se pueda ajustar (bajar) para que no sature la mezcla final.