#14 La sexta cuerda queda mas arriba porque es mas gruesa y debe separarse mas,
Por lógica, si tienes un tubo finito y uno grande, el grande tiene su eje más arriba, Es normal que así sea,
Lo de la garantía, si es nueva es claro que ellos te pueden responder, más aun si se trata de Fender. Son profesionales.
Antes de tocar algo piensa en la garantía, ya que si modificas la guitarra permanentemente, poniéndole cianocrilato puedes perder la garantía, la cual te puede cubrir para muchas cosas más. Pueden alegar que has hecho modificaciones.
Bueno, yo nunca hice uso de una garantia Fender, pero tu consulta lo que dice tu garantia..
#15 Lo del cianocrilato es buena solución técnica, de todas formas, pero teniendo en cuenta que si te tiembla el pulso puedes echar en la madera y como se seca rápido al despegarlo puedes arruinar el acabado o mancharlo.
El cianocrilato está pensado para pegar plásticos en maquetas de modelismo por ejemplo y actúa quemando el plástico para fundirlo y adherirse.
Genera una reacción que funde y no se bien como puede actuar sobre un barniz en particular, pero lo mejor es tener precaución.
Para esta solución te recomiendo coloques cinta de enmascarar en la parte de madera..
Prueba en otra parte antes para ver de que tamaño sale la gotita y como se comporta.
Si lo haces bien y te tienes confianza, limándolo prolijamente, nadie notará que has hecho modificaciones y problema resuelto.

Salvo el técnico de Fender al calibrarla..se podría dar cuenta.
Antes de hacer cualquier solución prueba poner un papelito muy fino y provisorio en la ranura para levantar la cuerda y ver a que altura se quita el problema y revisar como te queda para tocar y afinar.
Algunas veces aunque resulte una solución muy informal yo he puesto un papelito en alguna guitarra y allí quedó,...pero no haga usted lo mismo
¿Sabías que las cejillas, a veces se pueden sacar del lugar, hasta ponerle un suplemento por debajo para levantarlas? Esa sería otra alternativa, pero sería mas aplicable en caso de desgaste general por el tiempo o mala colocación.
Te recomiendo como otro tip, que cuando repongas las cuerdas torneadas por nuevas, las levantes un poco con la mano, para que la parte torneada no desgaste la cejilla al estirarlas.
Te pido disculpas porque al principio no puse toda la atención en tu consulta ya que te referías a la cuerda al aire y yo me referí a trasteos en general.