Yo también "sufro" este problema desde hace semanas que guardo el jamman con la toma del transformador de corriente conectada y de momento no lo considero preocupante.
Por la segunda pregunta no hay problema , en principio te dá mas posibilidades procesar la señal de la guitarra y fijarlo en un loop , que (en el caso de invertir el orden de conexión) procesar el loop y tu guitarra con los mismos efectos con lo que obtendrás en todo momento 2 guitarras exactamente iguales sonando