Hombre, las EMG son activas, a parte de cambiar las pastillas tendras que cambiar toda la circuiteria, potes incluidos y hacer sitio para la pila.Las EMG son muy cañeras pero no muy versatiles, la 89 tiene la particularidad de poder ponerse en single coil, por lo que yo particularmente la colocaria en el mastil y la 81 en el puente que es lo mas tradicional, que no por ello correcto, pero como la guitarra tiene alas de caoba, seguro que le da el tono mas grave que la hace menos chillona que en las MII o la KH2 de hammet.
Por otro lado te voy a decir que yo tuve una Schecter C1 hellraiser con dos EMG 89, la guitarra era toda de caoba, cuerpo y mastil, con mastil encolado y puente fijo tonepros, ultrasustain vamos, y a mi me sonaba brutisima.
No sabia que la custom-5 se pusiera en las PRS!yo la tengo en una LTD Viper 1000 con duncans (la blanca de este año) de iguales caracteristicas a la Schecter y me gusta mucho como suena, como dices tu no es una pastilla muy aguda, pero me gusta precisamente por eso, no me acaba de convencer el sonido de una pastilla de mastil para ritmos poque me parece demasiado "muddy" y tampoco me gustan las pastillas del puente demasiado chillonas,tengo tambien una LTD H500 caoba y tapa y mastil de arce, set-thru y puente fijo con JB y jazz y aunque suena muy bien, tiene ese punto agudo que hace que prefiera la custom.
La ventaja de las Duncan o las Dimarzio es que al ser pasivas no tendras mas que cambiar las pastillas,y que con unas pastillas de ganancia moderada podras conseguir buenos sonidos desde ligera distorsion (crunch, blues overdrive..) hasta distorsines muy burras con mucha ganancia y buenos limpios,mientras que con las activas puedes conseguir distorsiones extremas perdiendo un poco de limpios.
Yo creo que a una guitarra como esa le pegan mas unas pastillas pasivas para poder tocar de todo, te he hablado de Duncans porque las dimarzio no las controlo,solo he tenido unas IBZ en una rg2550e y no me gustaron, pero piensa que ibanez trabaja siempre con dimarzio, asique quiza sea las que mejor le pegan y le dan ese caracter a las guitarras ibanez (vai,satriani,gilbert...).
De todas formas, si al final te decides por pasivas, pidele al luthier que te conserve la conexion en paralelo para la pastilla del mastil (la combiacion que yo elegiria seria: puente Humb->puente en paralelo->mastil y puente ambas en humb->mastil en paralelo->mastil humb.),ya que la conexion en paralelo da unos limpios increiblemente cirstalinos sin perder volumen de salida, mientras que al pasarlas a single con un switch o un push pull si que se nota que pierde volumen.
De todas formas, sea lo que sea lo que le pongas, seguro que sonara genial!