Guitarra afinada desafina

Hola amigos, quería consultarles un problema.
Tengo una guitarra Leonard acustica (con cuerdas de metal) que al afinarla como es habitual en la 5ta casilla e inclusive con los armónicos del 5to y 7mo traste, cuando voy a tocar acordes con cuerdas al aire (como ser SOL), suena desafinada en las cuerdas 1º, 2º y 3º.
Datos:
1 - Al pisar cada cuerda en la casilla 12 suena un cuarto de tono más alto que el armónico correspondiente en el traste 12.
2 - Cuando hago acordes con cejillas, en la casilla que sea (sin dejar cuerdas al aire), el acorde suena afinado.
3 - Cuando coloco un transporte (o capotraste) en 1º, 2º o 3º casilla y pongo la posición de SOL, vuelve a sonar desafinado como cuando la cuerda apoya directamente en la cejuela.
4 - Limé las ranuras de la cejuela donde apoyan las cuerdas, ya que tenian distintas alturas la 6ta con las demas.. y eso no mejoró el problema.

En fin, hace 3 años que tengo esta guitarra y no la puedo usar. Qué podrá ser???

(dato extra.. como al comprar la guitarra trasteaba, le tocaron imagino que el alma para que no trastee y creo que ahi empezó el problema)
Gracias por sus respuestas!!!!

Está muy desquintada. La solución sería hacerle alguna modificación al hueso del puente. No creo que valga la pena, ese trabajo es de paciencia y prueba, eso te lo cobraran. Cambiar el hueso, modificar el apoyo . . . La guitarra no vale tanto, objetivamente. Subjetivamente quizá sea importante para ti pero no vale la pena. Y eso creyendo que los trastes estás puestos a la medida correcta.

Puedes usar la calculadora de trastes de stewmac para ver si los trastes están colocados donde tienen que estar, pero creo que puede ser mas bien una combinación de varias cosas que se solucionan con un paso por el luthier.