Duda al afinar la guitarra

Mi problema es que yo enchufo el afinador a la guitarra (el que me viene con la pedalera o con un programa para afinar, enchufándola al ordenador), y toco por ejemplo la 6ª cuerda. Pues bien, nada más tocar la cuerda puede decir que está un poco aguda, luego que está bien, y luego cuando ya va sonando menos, que está algo grave (puede que sea al revés, y donde puse aguda sea grave y viceversa, no me acuerdo bien), lo cual por supuesto me tiene loco.

¿Qué medida se supone que tengo que tomar? ¿La de justo después de tocar la cuerda?

Para un afinador tan inestable es complicado, pero pulsas la cuerda, esperas unos segundos (1 o 2 seg. nota sin el ataque, esa es la medida correcta) y despues vuelve a variar la medida que es el decay de la nota.