La base es la misma, si sabes armonizar una escala mayor/menor solo le quitas como mencionas, el tercer grado de cada acorde y tiene la tendencia de la tonalidad, igual toma en cuenta que puedes "jugar" con esa falta de tonalidad para aprovechar combinaciones de escalas que te brinden el sonido que buscas, ojo, no es forzoso que tengas que usar mas de una escala, pero bien puede aprovechar este punto para ser mas creativo...
Pero por ejemplo, tienes Sol, Do y La, que escala usarías, Sol o Do? Y pues para armonizar una escala, primero necesitaría los acordes, mayores o menores, pero si no sabes de que tipo son?
Tienes que analizar la progresión de las fundamentales. Si tienes Sol-Do-La, lo primero es ver cual de esas tres quintas nos da la sensación de reposo, es decir, el centro de la tonalidad. Pongamos que es Sol: Sol (I) - Do (IV) - La (II). Lo más frecuente es que el oído intente relacionar los movimientos con la escala mayor, y en este caso podría ser Sol M - Do M - La m. A partir de aquí podríamos incluir cualquier tipo de variación, como pensar que estamos en una escala menor en vez de mayor ( Sol m (I) - Do m (IV) - La dim (II) ), o que en alguno de los grados utilizamos intercambio modal, etc.
Pues curioseando me encuentro, años después, con este hilo.
Desconozco si hay uno posterior que trate el tema, no obstante aporto mi humilde opinión de aficionado.
Si la secuencia de acordes incluye: SOL DO LA, sin sostenidos ni bemoles, las tonalidades mayores posibles (o sus relativas menores) serán:
DO
FA
SOL
SIb
haha 
