Hola! Imagino que la mejor manera depende de cada uno!
A mí lo que más fácil me resulta es a partir de posiciones de acordes. Como ya conozco las posiciones básicas de los acordes lo que practico es a tocar los acordes del tema q esté practicando sin mover la mano izquierda del sitio. Esto me obliga a tener fluidez buscando las tónicas.
Otro ejercicio q hago bastante es a improvisar con una escala moviéndome a lo largo del círculo de quintas o de cuartas. De esta forma mientras improviso con una escala aprendo a buscar la tónica y posición de la siguiente.
Si estás empezando quizás lo más fácil es empezar por posiciones básicas de acordes identificando las tónicas, mira algún vídeo sobre el sistema CAGED.
Si tienes más nivel quizás te sirvan los vídeos q me preparo para conocer el mástil, este es un ejemplo:
Personalmente creo que lo más importante es ser consciente cuando tocas qué estás tocando. Es decir, si te aprendes un tema fácil tipo La Bamba con su C-F-G, aprende los acordes intentando memorizar dónde está la tónica (y poco a poco la tercera, quinta...). Tócala en diferentes posiciones a lo largo del traste y poco a poco irás conectando los puntos.
Un ejercicio que recuerdo hacer hace algunos años que también me gustaba era a tocar un acorde a lo largo de todo el mástil, de forma que iba uniendo las tónicas entre una posición y otra.
Otro que también me va bien a mí es: estoy practicando una escala, y la recorro de arriba abajo con un golpe en cada nota pero tres golpes en la nota a la que quiero prestar atención (lo uso ahora para 6, 9, 11, y esas cosas, la tónica, 3 y 5 ya las tengo bajo control!)
En fin, poco a poco y buscando tu forma, que al final lo que hagas tiene que motivarte!!
Seguro que cada uno puede contarte sus propios trucos y todos serán diferentes!
Un saludo y ánimo con el dominio del mástil!!