Problema de afinacion y quintaje

Acabando de recibir mi nueva strato "especial edition", procedo a realizar un ajuste de quintaje, por lo que con la ayuda de un afinador electronico, y los sabios consejos de los foros, realizo un ajuste de las silletas del puente hasta obtener el armonico de cada cuerda en el traste 12º .
Vuelvo a afinar cada cuerda y vuelvo a ajustar las silletas hasta que todo el sistema parece que esta correctamente quintado.
Ahora biene lo curioso, y es que afinando la guitarra con el afinador, cada cuerda al aire. Compruebo la afinacion clasica de pisar en el quinto traste cada cuerda excepto la 3º con el 4ºtraste y me da un tono un pelin mas alto la cuerda pisada, que la siguiente.
Significa esto que si la afino "como siempre", a pelo, comprobando lo de los 5º trastes o sea sin afinador, no suena afinada al 100/100.
¿A que puede ser debido? ¿os ha pasado a alguno?.
Ah! se me olvidaba, las silletas estan ya al final del recorrido hacia el puente.
Gracias.

no he entendido bien...

como has octavado?...debes comprobar que al pisar el traste 12 obtengas la misma nota del armonico natural

Correcto, es lo que he hecho, obtener el armonico de la nota al aire y la misma nota en el traste 12.
A continuacion afino las cuerdas con el afinador, suena afinada pero al comprobar pisando en el 5º traste (por ejemplo la cuerda 5), obtengo una nota un poco mas aguda que la 4ª cuerda al aire.
Espero haberme explicado.
Gracias.

Hazlo sin armónicos,afina la cuerda al aire y cuando esté afinada correctamente,vuelve a mirar el afinador pero esta vez digitando encima del 12 traste,el te dirá si debes ampliar o decrecer la selleta.si tira hacia la derecha la afinación,debes mover la selleta en dirección al cordal,y si es al contrario,en dirección al mástil.Bye compañero.

En efecto como dice Fixia, hay que hacerlo de esa manera....es complicado de explicar, pero tiene que ver con la longitud de la escala que se haya utilizado a la hora de diseñar la guitarra, la distancia entre trastes, la ganancia de frecuencia con cada semitono (por traste ) y para finalizar la toma de referencia del traste 12 como mitad de la mencionada escala.....
Ya se que suena a chinako, pero es asi...hasta hace nada yo lo hacía pero sin saber el porque...ahora ya lo se pero no es fácil de ver....

Gracias ante todo por vuestra atención. Lo ajusto tal como dice FIXIA, y la guitarra queda afinada OK. y me olvido de la afinación clásica de los trastes nº 5 y del 4, por que de esta manera, la guitarra suena desafinada. A ver si con el proximo cambio de cuerdas, queda mas centrado el asunto.
Lo dicho, muchas gracias, y un abrazo compañeros.