Primero que nada la aclaración sobre el Floyd Rose. Si la guitarra tiene Floyd Rose, no se puede jugar con la afinación así como si nada, ya que al colocar las prensas de la cejilla las clavijas quedan inutilizables, y los micro-afinadores del puente no tienen un recorrido tan extenso como para dejar la guitarra bien afinada en otra afinación, a menos... existe un sistema llamado D-Tuna, que es para es justamente para esto, para pasar de la afinación standard a Drop D, este sistema es compatible con los puentes tipo Floyd Rose (también con los Lisenced by FR), Eddie Van Halen lo tiene instalado en algunas de sus guitarras:
http://www.dtuna.com/ .
Respecto a las pastillas. Las dos guitarras tienen pastillas muy diferentes. Las de la Jackson son pastillas pasivas, versátiles, puedes tocar muchos estilos y sonar bien. Las de la LTD son activas, dirigidas netamente al heavy y sus derivados, digamos que serían la peor elección para blues.
Las dos son buenas guitarras, pero diferentes. Si quieres tocar solamente heavy metal y estilos pesados, te conviene la EC-1000, pero si además de estilos pesados te gustan otros estilos mas calmados te conviene la DK2. Y además está el tema de la comodidad, seguramente tienen mástiles diferentes, alguno te debe sentar mas cómodo que el otro, para saber cual te es mas cómodo, la única forma es probar las dos guitarras, sería lo mejor...
Saludos !!