Es lo mismo grabar 96khz y convertir de 44khz a 96khz?

El software reaper me permite exportar a frecuencias altas como 96khz, pero mi interface es de 48khz el sonido seria igual como si grabara con una interface de 96khz?

Respuesta rapida: No.
Respuesta larga: de abajo a arriba (48 a 96 por ejemplo) lo unico que hace es inventarse informacion el programa y aumentar la capacidad de datos (que pesa más). de arriba a abajo si es importante, pues lo mejor es disminuir a la mitad siempre (por ejemplo, de 96 a 48, pero no de 96 a 44.1).

Resumiendo, no ganas calidad, la calidad es la que marca tu interface, de ahi no hay más, máximo 48