¿Que hacer primero?

Colegas, desde hace un tiempo que estoy a full con la guitarra y ahora noto que tengo las cuerdas algo altas, para mi, desde el traste como 7 mas o menos. Me fijé en el traste 12, porque también revise si afina en el traste 12, y ahí la altura de las cuerdas es de 4mm, si voy para el traste 13 como que sube un pelín mas y así. Que debería ajustar primero ¿la altura de las cuerdas, el mástil?¿ es complicado?, ya que solo esta calibrada en el traste 12 la primera cuerda, el resto suena desafinada al pisar el traste 12

¿Suena desafinada? Deberías comprobarlo con un afinador.
¿De qué guitarra se trata? A una Les Paul le bajas las cuerdas con menos dificultad que a una guitarra con Floyd Rose. De todos modos hay bastante información a golpe de buscador del foro.
Primero cuerdas nuevas, luego bajas la acción y entonces verás como está el mástil.

#2 Es una stratocaster, hace poco le puse cuerdas así que en un mes o dos lo hago porque no tengo apuro. Es barata la guitarra pero sin embargo dentro de todo mantiene decente mente la afinación solo si busco tocar en esas notas sino investigaba creo que no me enteraba del problema del traste 12 xD , al parecer esta desafinada (o hay que hacerle la octavación por lo que investigue).

Con el afinador que tengo en el teléfono de una app la primer cuerda, la mas fina, suena afinada en traste 12 el resto no.-

Hola.
Primero afinar las cuerdas, luego ajustar la curvatura del mástil, luego bajar las cuerdas sin que trasteen en ningún traste ( valga la rebuznancia) y por último octavar.
Cuanto más separadas están las cuerdas del diapasón más se tensan al pisarlas y por esto hay que alargar más la cuerda para bajar el tono de la nota.

#4 Uh, perfecto, lo tendré en cuenta. Gracias por la info!

No hay de qué.
Un saludo