Así a bote pronto, se me ocurren cuatro cosas:
1- Error humano (no tocas en el tempo, o en otro ritmo)
2- La guitarra no entra a la vez que la batería, sino ligeramente antes, o ligeramente despues, por lo que si los haces entrar a la vez, no cuadra (vigila eso, que suele pasar).
3- Grabas la guitarra a un determinado tempo, que suena en tu mente, y la bateria y el programa esta a otro tempo.
4- Al margen del tempo, el patrón de batería no es el adecuado. Ten cuidado con los contratiempos, los medios tiempos, etc.
gracias, no me habia dado cuenta de que ya habian respondido mi mensaje...conoces algun buen tutorial sobre la grabacion casera?
Aquí mismo te puede ayudar otro hilo (Ayuda: Tutorial FL Studio)
mm fl studio tiene metronomo, si grabas usando el metronomo, guiandote por el tempo tendras mejores resultados con la percusion, claro, como dice el compañero david tambien cuida la ritmica y los valores de las notas, saludos!