El eterno problema de la afinación en la guitarra es que, como dice en el vídeo, lo que es bueno para una cosa es malo para otra.
Esto ocurre por la diferencia entre la afinación temperada (la única que pueden usar las guitarras) y la afinación natural o justa.
En la afinación justa no hay batidos. La frecuencia de cada nota es una fracción de enteros con respecto a la tónica. El problema es que la frecuencia exacta de cada nota varía según la tonalidad elegida: por ejemplo, una nota DO sería una frecuencia diferente si se toca en La menor que si se toca en Re mayor. Si quisiéramos tocar una guitarra perfectamente afinada siempre, necesitaríamos 12 guitarras (una para cada pareja de tonalidades mayor/menor) con los trastes repartidos de manera adecuada para afinar en cada tonalidad. Por supuesto, no faltan los frikis (con perdón, dicho desde el respeto y la admiración) que han propuesto soluciones bien sesudas:

(Ahora imagínate un tema en el que cambias de tonalidad en medio de la pieza, a ver qué haces)
También hay guitarras con trastes móviles para "solucionar" el problema:
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Pero como dice Cumpiano: "Therein lays madness".
Podéis ver más fotos y profundizar sobre el tema simplemente buscando "Just intonation guitar" en San Google.
Hay instrumentos en los que la afinación no depende tanto de la construcción: la voz, el violín y su familia (en las notas que no son al aire), el trombón de varas... y por supuesto el Theremin (qué trasto, jeje).
Pero para instrumentos como la guitarra (en la que la afinación viene determinada principalmente por la posición de los trastes) no es viable tocar con afinación justa. Por eso apareció la afinación temperada, en la que las frecuencias de las notas se reparten de manera uniforme y logarítmica. Con esto se consigue que un instrumento en el que la afinación no depende tanto del intérprete sino de la construcción (piano, guitarra, órgano y casi todo el viento-madera) pueda tocar en cualquier tonalidad. Básicamente, lo que hace el sistema es hacer que las notas Do sostenido y Re bemol sean la misma frecuencia (que en la escala natural no lo son) promediando ambas. Y lo mismo con Re sostenido y Mi bemol, y así con todas.
El problema de la afinación natural y temperada se conoce desde el Barroco. Los organeros de entonces (ojo, sin afinadores electrónicos) eran perfectamente conscientes del batido de frecuencias que se produce cuando dos notas suenan de manera simultánea, pero una tiene una frecuencia parecida a la que tiene que tener, pero no la misma. Lo que ahora llamamos batidos, ellos lo llamaban "la quinta del lobo" porque evaluaban la afinación por quintas y porque lo asemejaban a un aullido (qué románticos). Se propusieron un montón de afinaciones alternativas a la natural: un organero llamado Andreas Werkmeister inventó un par de ellas que tuvieron bastante aceptación. Se conseguía que el órgano sonase bien en casi todas las tonalidades de uso habitual. Pero la única forma de que un órgano o una guitarra suenen bien en cualquier tonalidad es tener una afinación temperada.
Luego, por supuesto, en la guitarra tenemos el problema de la ejecución: pulsar más fuerte o más flojo desafina (o afina) aún más lo que ya de por sí puede estar más o menos desafinado.
Las cejuelas octavadas, sean del tipo que sean, lo único que hacen es favorecer la afinación precisa.... EN ALGUNAS TONALIDADES a consta de afinar aún peor en otras. Como normalmente no tocamos canciones en La bemol menor pues estas soluciones pueden ser muy adecuadas para casi todos.
Si no os dan miedo los logaritmos ni el inglés y queréis profundizar sobre el tema os dejo estos enlaces:
http://en.wikipedia.org/wiki/Musical_temperament
http://www.phy.mtu.edu/~suits/scales.html
Lo otro que comenta en el vídeo sobre la tendencia a afinar pianos exagerando agudos y graves es la llamada curva de Reilsback. Si alguien quiere profundizar:
http://www.denverpianotuners.com/pianotuning/joshs-blog/77-tuning-piano-by-ear-denver-piano-tuning
Se produce, igualmente por la necesidad de eliminar batidos. En el piano, las cuerdas producen armónicos que no son múltiplos exactos de la frecuencia fundamental de vibración. Por ejemplo, la nota que produce un LA a 55 Hz produce armónicos un poco superiores a los teóricos: en lugar de presentar armónicos en 110, 165, 220... presenta armónicos un poco más agudos; por ejemplo en 111, 166.5, 222... Para que estos armónicos no produzcan batidos con las notas LA de octavas superiores, se baja un poco la afinación de los teóricos 55 Hz. hasta que el batido de armónicos desaparezca en 110, 220, 440, etc.
Este efecto se da más en el piano que en otros instrumentos porque las cuerdas reales no son infinitamente delgadas y por tanto se alejan del modelo teórico de vibración armónica (también por eso quintamos nuestras guitarras). Además, en el caso del piano tienen mucha tensión y por lo tanto producen más armónicos y éstos tienen más presencia dentro del balance tonal de cada nota que en otros instrumentos.
En resumen, que Juan Brieva sabe muy bien lo que se hace (y lo explica mejor que yo, a la vista del ladrillo que acabo de soltar).