Antes de nada voy a hacer un pequeño resumen, por si a alguien le sirve, y después expongo mi duda.
La armonización se hace por medio de una escala. Es muy típico de los Maiden, por ejemplo, en la que cada guitarra toca el mismo punteo pero con diferentes notas. La armonización por terceras quiere decir que cuando una guitarra empieza en Do, estando en la escala de do mayor, la segunda guitarra empezaría el punteo en Mi, su tercera.

Do Re Mi Fa Sol La Si Do
1º 2º 3º ......

Cada guitarra debe realizar el mismo proceso, es decir, si uno hace hammer on, el otro también, si uno hace un vibrato, el otro también, si uno se rasca el cojón derecho, el otro también (bueno esto es opcional). ¡Siempre con el mismo tempo! Y hay que tener cuidado con los bends, el que uno haga un bend de un tono no quiere decir que el otro también tenga que hacerlo de 1 tono, según la situación puede ser que le toque un bend de medio tono. En el caso de las cuerdas al aire, ahí si comparten la nota.

Pongamos un ejemplo, y así todo es más fácil.

Y ahora mi duda. ¿Esto mismo puede aplicarse a los acordes? Por ejemplo, uno tocando Do5, en el típico ritmo del palm mute: se toca el acorde (bueno las quintas no son acordes en sí pero bueno xD), luego dos veces la tónica en palm mute, la quinta, tónica dos veces, y así sucesivamente. Mientras la otra guitarra tocaría su tercera, o sea, Mi 5. ¿Se puede hacer eso? O bien, uno toca Do mayor y el otro Mi menor, ¿se podría?

Saludos!!