Sí ese ha sido el único cambio que le has hecho a la guitarra últimamente podría ser que sí, aunque sinceramente me parece bastante exagerado que por esa cuerda hayas perdido el ajuste. Si la única cuerda que no octava bien es la tercera, seria obvio que es porque no es de el tamaño que corresponde, si no, yo lo primero que haría, ya que se trata de una "reparación" sencilla seria cambiarle las cuerdas, y que sean del mismo grosor que cuando tenías la guitarra bien ajustada, y luego haría un ajuste del alma. Si así no se repara si que la llevaría a un luthier.
La llave se mete por la boca y está en el extremo del mástil. La verdad es que a veces con el alma es mejor no jugársela uno mismo. Si con las cuerdas nuevas no resuelves el problema mira de llevársela a algún luthier. Si te animas a hacerlo por tu cuenta, hay un usuario llamado frasco que tiene unos tutoriales en vídeo muy buenos para esto, pero no se si los tendrá para acústica. Sino mira por google, que hay un montón de información.