Cuerda desafinada en los trastes.

hola, la cosa es que segun el afinador la segunda cuerda esta bien y suena bien pero al aire, a la hora de pisarla en un traste suena mal, de antemano gracias.

Tienes que quintar u octavar la guitarra y eso se hace con los tornillos del puente. Busca vídeos que lo explican bien.
Es sencillo

Cual es la pregunta ? Que suene mal no debería tener que ver con la afinación, deberías explicar un poco mejor lo de 'mal'. Si lo que sucede es que no da la nota será que no esta correctamente quintada. En tus posts anteriores hablas de una guitarra acústica, si es esa guitarra no será fácil resolverlo por ti mismo. Quizá un luthier te pueda colocar una selleta se puente compensada.

#3 si, la guitarra que me da problemas es la acustica y creo que le falta octavar pero no se como hacerlo en una guitarra acustica

Selleta compensa. Y trabajar a partir de ahí. A un luthier que controle de acústicas, si es que la guitarra lo vale.

Lo que te dice el compañero Linux. Sería bueno que hubieras especificado más al consultar y yo haber preguntado.

También podría estar muy alta la cejuela en esa cuerda...

otra cosa que me fije en ultimo momento es que la cuerda que me da problemas esta como "hundida" no resalta como las demas en los trastes

Al aire y en el primer traste da notas diferentes ? Esa cejuela podría estar muy baja y apoyar la cuerda en el primer traste, o tener mal el ángulo u estar apoyando muy atrás y de ahí que mienta.

otro error mio, viendo con mas atencion la cejuela de arriba( antes del clavijero) justo en la misma cuerda que me da problemas esta partida, creo que sale mejor comprar una nueva, igual gracias a todos por sus respuestas.

Compra una buena cejuela , con un buen ajuste es otro mundo. Hueso, tusq u otro material noble, si no tienes herramientas de precisión llevala a ajustar. Es necesario herramienta fina para hacerlo bien.

Tenía pinta de cejuela sí