buenas, conozco gente con guitarras yamaha y te dire que es un error comun.
mira si al cambiar de pastilla da un chasquido. si te da ese sonido, no lo dudes es cosa de electronica, tendras que revisarla
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Tambien podria ser por la suma de un ampli modelador con una pedalera digital , si como dices es a partir de añadir la pedalera.
Mira ademas en la pedalera si tienes activado el compresor y en que medida, y si lo esta prueba a desactivarlo.
Saludos.
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Gracias por las respuestas, me ayudaron mucho (: