Creo q depende mucho del afinador. Mejor decinos el modelo del afinador, o sacale una foto y subila al foro.
Sino podes empezar a practicar tus oidos y afinarla vos sola. Yo usaba el comienzo de nothing else matters de metallica para afinar mi guitarra cuando empece. LA primera nota del tema es un Mi y es el sonido q tiene q darte tu primera cuerda tocada al aire (la gruesa). A partir de ahi afinas las otras de la siguiente forma:
La primera cuerda (el Mi) presionada en el quinto traste tiene q sonar igual q la segunda cuerda al aire (y es un La) [por las dudas, "al aire" significa q tocas la cuerda sola, sin apretar ningun traste]
La tercera cuerda (Re) tiene q sonar como la segunda en su quinto traste
La cuarta cuerda (Sol) tiene q sonar tambien como El Re en su quinto traste.
La quinta cuerda (ESTA ES LA EXCEPCION) tiene q sonar como la cuarta cuerda pero en el 4to traste, no en el 5to.
La sesta cuerda suena como la quinta en el 5to traste.
Te aconsejo q cuando estes afinando te tomes un tiempo,unos segundos, entre toquido y toquido, de manera q persibas bien la nota. O sea, no tenes q apresurate mucho. Otra tecnica es tocar las dos cuerdas juntas pero no conviene hacer eso si sos principiante, porq ademas ese tipo de afinacion sirve mas para medir manualmente la disonacia y afinar respecto a eso, y no tanto audioperceptivamente. (hay gente muy pro q afina segun la vibracion de las cuerdas, podrian afinar sordos, posta
[con un afinador tamb obviamente
])
Bueno esa es la afinacion convencional y mas usada.
Yo tambien uso afinacion abierta en Re pero te aconsejo q empieces por la afinacion anterior.
Afinar tu guitarra a oido es bueno para practicar tu audiopercepcion, aunq a la mayoria le da fiaca hacerlo y se terminan acostumbrando al afinador electronico. Bueno espero no haberte despistado mas. Dale garra q los primeros pasos son los mas dificles, luego se disfruta mas el instrumento.
jajajaja 
segun lo que dices prueba a ponerlo en F y le añades 1b (bemol) así en teoría tendría que afinar en E ==> Mi 