Si afectan al sonido, igual que la altura a la que este la pastilla, el tipo de cuerdas que uses, la pua o tu forma de atacar la cuerda.
Yo he apreciado que una misma pastilla montada en la misma guitarra con y sin cover (una Gibson 489T en una paula) sonaba mas agresiva y con mas medios/agudos sin cover que con el, sin embargo, decidi ponerselos por estetica, ya que la diferencia de sonido realmente no era muy grande y esteticamente sin los covers deslucia mucho el conjunto.
Si puedes, haz la prueba y decide por ti mismo.
Hay covers que tienen agujeros, pero solo 6. Es decir, solo para una fila. Esto por qué es así?
Para poder ecualizar la pastilla subiendo o bajando los tornillos de la cuerda correspondiente.
Cuanto mas alto este el tornillo (sin sobrepasarse) mas presencia tiene esa cuerda.
Metete en el canal de youtube de barenuckle pickups y dale a un video q explica perfectamente la diferencia de sonidos entre las 2 para ver cual t gusta mas