Es mejor que pongas una foto, por muy alto que quedara la cejilla no creo que fuera tanto como para subir un tono la afinacion al pisar...
Para bajar la altura de una cejilla, frótala sobre lija por debajo en una superficie plana.
Quizás tu problema no venga de la cejuela, puede ser el trasteado.
Mira a ver si las muescas por donde pasan las cuerdas son demasiado estrechas y no permiten un correcto deslizamiento de las cuerdas cuando afinas, sobre todo en las cuerdas entorchadas.