La función del preamplificador es la de modelar la señal que llega de la guitarra y entregársela a las válvulas de potencia que amplifican dicha señal. Cuando colocas entre la guitarra y el previo efectos de reverb, tremolo, delay, etc; pues estos son modelados también junto con la señal de la guitarra y todo este potaje se entrega a las válvulas de potencia. Utilizando el loop de efectos lo que haces es pasar la señal de la guitarra limpia por el preamplificador y antes de que esta señal se entregue a las válvulas de potencia es modelada a través del lazo de efectos por todos los pedales que haya conectados y regresa al amplificador quedando la señal ya maquillada para ser amplificada.
Si es mejor o es peor, es cuestión de gustos. Yo utilizo un Overdrive + Booster y me gusta utilizarlos entre la guitarra y el ampli y los efectos de modelación me gusta más pasarlos por el lazo, ya que de esta manera siento que el sonido está más organizado, pero es mi opinión personal.