Esa es la afinación estándar en Re.

Lo que sucede es que en todos los sistemas de afinación temperada o igual la nota que primero se afina y de la que se toman las referencias es el La (de ahí el 440, 442, 415, etc., que es la frecuencia en Hz de esa nota); con lo que en todo caso podríamos hablar de afinación en Sol, lo que tampoco sería totalmente correcto a pesar de la excusa, puesto que en los instrumentos de cuerda para tomar el calibre y la afinación se hace referencia a la cuerda prima en general.

Lo del Sib en éstas circunstancias no tiene cabida.

En el caso de la trasposición hablamos de otra cosa, podría ser que para que sonasen las notas correctas hubiese que cambiar la armadura, y así leer el intérprete como si estuviese la guitarra en La, aunque las notas reales que suenan fuesen otras.

Me explico:
La escala de La Mayor en la guitarra a partir del quinto traste sería:

------------------------ E
------------------------ B
------------------------ G
---------------6-7------ D
-------5-7-9------------ A
5-7-9------------------- E

Si esto mismo lo bajamos un tono:

------------------------ D
------------------------ A
------------------------ F
---------------6-7------ C
-------5-7-9------------ G
5-7-9------------------- D

Sonaría Sol Mayor, con una diferencia de 2 alteraciones descendente. Es decir, pasamos de 3# de La Mayor a 1# de Sol Mayor.
Con lo que la escala de Do Mayor que no tiene ninguna alteración, pasaría a Sib Mayor, con dos bemoles.

Entonces, si quisiesemos escribir en Si bemol Mayor con las notas no reales, escribiríamos en Do Mayor, e interpretaríamos con la guitarra afinada en Re, como si estuviese en Mi.
Entonces, esa afinación hace referencia al cambio de armadura. Es un poco complicado, pero es lo que vienen haciendo los clarinetes toda la vida.

En definitiva: tocas unas notas que no son las que hay escritas, y para que suene lo que se busca, se cambia.

Creo que más o menos me explico. Pero un ejemplo práctico:

En una sotata de piano y guitarra en Do Mayor. Si tenemos la guitarra afinada en Re, pero nos resulta más fácil leer la partitura escrita como si tuviesemos el La en el quinto traste, tendríamos la partitura del piano en Do Mayor, porque toca lo que hay escrito, mientras que la de la guitarra estaría escrita en Si bemol Mayor, y sonaría una nota menos de la que tocasemos, puesto que estaríamos afinados en re, pero tocando como si la tuviesemos en mi.

Espero que con el ladrillo os lo haya aclarado. Si hay dudas preguntad, y a lo mejor puedo subir alguna partitura, para poner ejemplo gráfico. Pero vamos, la guitarra NO es un instrumento traspositor como pueden ser los clarinetes o las trompas. Echad un vistazo a partituras orquestales y veréis que las partes de éstos instrumentos se escriben en otro tono, aunque suenan en el de la obra.

Ufff!!. Hacía tiempo que no me ponía teórico. Un saludo.